Можно ли зарегистрировать ООО на муниципальную квартиру?

Нет, не сможете.

Исходя из действующего законодательства, я считаю возможным зарегистрировать ООО по месту вашего жительства.

В соответствии с п. 2 ст. 8 Федерального закона N 129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" государственная регистрация юридического лица осуществляется по месту нахождения указанного учредителями в заявлении о государственной регистрации постоянно действующего исполнительного органа, в случае отсутствия такого исполнительного органа - по месту нахождения иного органа или лица, имеющих право действовать от имени юридического лица без доверенности.

На основании пп. "в" п. 1 ст. 5 Закона N 129-ФЗ сведения об адресе (месте нахождения) постоянно действующего исполнительного органа (в случае отсутствия постоянно действующего исполнительного органа - иного органа или лица, имеющих право действовать от имени юридического лица без доверенности) отражаются в Едином государственном реестре юридических лиц, и по этому адресу осуществляется связь с юридическим лицом.

В соответствии со ст. 40 Федерального закона от 08.02.98 N 14-ФЗ "Об обществах с ограниченной ответственностью" единоличным исполнительным органом общества является генеральный директор, президент и т.п.