Подскажите, пожалуйста, как правильно оформить доплату за дополнительную работу, ставки которой нет в штатном расписании.

Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста, как правильно оформить доплату за дополнительную работу, ставки которой нет в штатном расписании. Секретарь учебной части школы имеет оклад+ персональную надбавку, что равняется минимальной оплате труда 5554 рубля+ 30% северных, итого 7720 рублей с копейками. Она выполняет дополнительную работу по охране труда, организации подвоза обучающихся, ведение документации по заполнению и выдаче путевых листов. За дополнительную работу ей доплачивали 3000 рублей в месяц. Работа есть, но в штатном расписании ставок нет,и никто не разрешит их открыть.Такая доплата устраивала всех до того момента, пока персональную надбавку секретаря не увеличили, раньше оклад+ персональная надбавка не были равны минимальной. Наш главный бухгалтер считает, что если увеличилась персональная надбавка на 1120 рублей, то доплату нужно отменить, а обязанности вменить в функционал секретаря. Я, как руководитель, опираюсь на ТК, должностную инструкцию сотрудника, убеждена, что это будет незаконно, так как эти обязанности не входят в функционал секретаря. Может ли в данном случае сотрудник получать оклад+ персональную надбавку, как секретарь, что будет составлять 5554 и 3000 рублей доплату за дополнительную работу, которая не входит в круг его обязанностей. Человек, действительно, работает и работает очень хорошо. Как я могу всё это законно оформить?