Правильно ли я понимаю, что не заплатив подоходный налог как физ лицо за 2006 год

Неправильно. Вы спутали два понятия - подача декларации и уплата налога. Это не одно и то же. Поэтому за несвоевременную подачу декларации Вы должны уплатить штраф, размер которого действительно может составить указанную сумму. А за несвоевременную уплату налога действительно будет пеня. Но размер определяется в размере 1/300 ставки рефинансирования ЦБ РФ.

НК РФ.

"Статья 75. Пеня

1. Пеней признается установленная настоящей статьей денежная сумма, которую налогоплательщик должен выплатить в случае уплаты причитающихся сумм налогов или сборов, в том числе налогов, уплачиваемых в связи с перемещением товаров через таможенную границу Российской Федерации, в более поздние по сравнению с установленными законодательством о налогах и сборах сроки.

2. Сумма соответствующих пеней уплачивается помимо причитающихся к уплате сумм налога или сбора и независимо от применения других мер обеспечения исполнения обязанности по уплате налога или сбора, а также мер ответственности за нарушение законодательства о налогах и сборах.

3. Пеня начисляется за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате налога или сбора, начиная со следующего за установленным законодательством о налогах и сборах дня уплаты налога или сбора.

Не начисляются пени на сумму недоимки, которую налогоплательщик не мог погасить в силу того, что по решению налогового органа или суда были приостановлены операции налогоплательщика в банке или наложен арест на имущество налогоплательщика. В этом случае пени не начисляются за весь период действия указанных обстоятельств. Подача заявления о предоставлении отсрочки (рассрочки) или инвестиционного налогового кредита не приостанавливает начисления пеней на сумму налога, подлежащую уплате.

4. Пеня за каждый день просрочки определяется в процентах от неуплаченной суммы налога или сбора.

Процентная ставка пени принимается равной одной трехсотой действующей в это время ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации.

5. Пени уплачиваются одновременно с уплатой сумм налога и сбора или после уплаты таких сумм в полном объем.

Статья 119. Непредставление налоговой декларации

1. Непредставление налогоплательщиком в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту учета, при отсутствии признаков налогового правонарушения, предусмотренного в пункте 2 настоящей статьи,

влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основе этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 100 рублей.

2. Непредставление налогоплательщиком налоговой декларации в налоговый орган в течение более 180 дней по истечении установленного законодательством о налогах срока представления такой декларации

влечет взыскание штрафа в размере 30 процентов суммы налога, подлежащей уплате на основе этой декларации, и 10 процентов суммы налога, подлежащей уплате на основе этой декларации, за каждый полный или неполный месяц начиная со 181-го дня".