Может ли мой брат получить ордер на руки на эту комнату, могут ли ему отказать в получении ордера?

Вы допустили подмену понятий. Право на вселение и право на проживание. Прописка никакого отношения к этим правам не имеет.

Видимо Вас волнует, все-таки, вопрос дальнейшего проживания в общежитии.

Поскольку никаких фактических оснований Вашего проживания Вы не изложили, постольку сообщаю все правила Жилищного кодекса, относящиеся к Вашему вопросу:

Статья 97. Предоставление другого жилого помещения в связи с

выселением

Предоставляемое гражданам в связи с выселением другое жилое

помещение должно отвечать санитарным и техническим требованиям и

находиться в черте данного населенного пункта, а в сельской

местности при выселении из домов колхозов и совхозов - в пределах

территории поселкового, сельского Совета либо в пределах границ

хозяйства колхоза или совхоза, расположенных на территории

нескольких поселковых, сельских Советов.

Помещение, предоставляемое выселяемому, должно быть указано в

решении суда о выселении нанимателя.

Статья 108. Выселение из служебных жилых помещений с

предоставлением другого жилого помещения

Без предоставления другого жилого помещения в случае,

указанном в статье 107 настоящего Кодекса, не могут быть выселены:

1) инвалиды войны и другие инвалиды из числа военнослужащих,

ставшие инвалидами вследствие ранения, контузии или увечья,

полученных при защите СССР или при исполнении иных обязанностей

военной службы, либо вследствие заболевания, связанного с

пребыванием на фронте;

2) участники Великой Отечественной войны, пребывавшие в

составе действующей армии;

3) семьи военнослужащих и партизан, погибших или пропавших без

вести при защите СССР или при исполнении иных обязанностей военной

службы;

4) семьи военнослужащих;

5) инвалиды из числа лиц рядового и начальствующего состава

органов Министерства внутренних дел СССР, ставшие инвалидами

вследствие ранения, контузии или увечья, полученных при исполнении

служебных обязанностей;

6) лица, проработавшие на предприятии, в учреждении,

организации, предоставивших им служебное жилое помещение, не менее

десяти лет;

7) лица, освобожденные от должности, в связи с которой им было

предоставлено жилое помещение, но не прекратившие трудовых

отношений с предприятием, учреждением, организацией,

предоставившими это помещение;

8) лица, уволенные в связи с ликвидацией предприятия,

учреждения, организации либо по сокращению численности или штата

работников;

9) пенсионеры по старости, персональные пенсионеры;

10) члены семьи умершего работника, которому было

предоставлено служебное жилое помещение;

11) инвалиды труда I и II групп, инвалиды I и II групп из

числа военнослужащих и приравненных к ним лиц;

12) одинокие лица с проживающими вместе с ними

несовершеннолетними детьми.

Указанным гражданам предоставляется жилое помещение,

отвечающее требованиям статьи 97 настоящего Кодекса.

Статья 109. Общежития

Для проживания рабочих, служащих, студентов, учащихся, а

также других граждан в период работы или учебы могут

использоваться общежития. Под общежития предоставляются специально

построенные или переоборудованные для этих целей жилые дома.

Общежития укомплектовываются мебелью, другими предметами культурно

- бытового назначения, необходимыми для проживания, занятий и

отдыха граждан, проживающих в них.

Порядок предоставления жилой площади в общежитиях и

пользования ею определяется законодательством Союза ССР и Советом

Министров РСФСР.

Статья 110. Выселение из общежитий

Прекратившие работу сезонные, временные работники и лица,

работавшие по срочному трудовому договору, а также лица,

обучавшиеся в учебных заведениях и выбывшие из них, подлежат

выселению без предоставления другого жилого помещения из

общежития, которое было им предоставлено в связи с работой или

учебой.

Другие работники предприятий, учреждений, организаций,

поселившиеся в общежитии в связи с работой, могут быть выселены

без предоставления другого жилого помещения в случае увольнения по

собственному желанию без уважительных причин, за нарушение

трудовой дисциплины или совершение преступления. Лица,

прекратившие работу по иным основаниям, а также лица,

перечисленные в статье 108 настоящего Кодекса, могут быть выселены

лишь с предоставлением им другого жилого помещения (статья 97).

В любом случае, независимо от того, что общежитие принято на баланс гос организации (очевидно, это какое то специальное муниципальное предприятие, которое теперь управляет общежитиями), Ваш брат имеет право получить ордер на эту комнату.

Но это будет ордер именно на помещение в общежитии, юридический статус здания и помещений в нем, как общежития, не изменился от перехода здания на баланс муниципального образования.

Отказать в выдаче такого ордера не могут, ведь это не закрепляет помещения за Вашим братом, и в ряде случаев, установленных Жилищным Кодексом (смотри первый ответ на Ваш вопрос), его вправе будут выселить из этого помещения.