Я ИП, работаю на упрощенке, плачу налоги только от доходов (6%). Хочу узнать должен ли я платить налог при операции взаимозачета?

Будете. Налог ведь рассчитывается от дохода, а не от поступивших на счет денежных сумм.

НК РФ.

"Глава 26.2. Упрощенная система налогообложения

Статья 346.15. Порядок определения доходов

1. Налогоплательщики при определении объекта налогообложения учитывают следующие доходы:

доходы от реализации, определяемые в соответствии со статьей 249 настоящего Кодекса;

внереализационные доходы, определяемые в соответствии со статьей 250 настоящего Кодекса.

При определении объекта налогообложения не учитываются доходы, предусмотренные статьей 251 настоящего Кодекса.

Не учитываются в составе доходов доходы в виде полученных дивидендов, налогообложение которых осуществляется налоговым агентом в соответствии с положениями статей 214 и 275 настоящего Кодекса.

Статья 249. Доходы от реализации

1. В целях настоящей главы доходом от реализации признаются выручка от реализации товаров (работ, услуг) как собственного производства, так и ранее приобретенных, выручка от реализации имущественных прав.

2. Выручка от реализации определяется исходя из всех поступлений, связанных с расчетами за реализованные товары (работы, услуги) или имущественные права, выраженные в денежной и (или) натуральной формах. В зависимости от выбранного налогоплательщиком метода признания доходов и расходов поступления, связанные с расчетами за реализованные товары (работы, услуги) или имущественные права, признаются для целей настоящей главы в соответствии со статьей 271 или статьей 273 настоящего Кодекса".