Как лучше сделать, если я хочу взять квартиру по ипотеке, а эта комната и будет являться первоначальным взносом.

Квартира, приобретенная в браке будет считаться совместно нажитым имуществом. Если кредит будет полностью погашен в браке, то Ваша жена будет вправе претендовать на 1/2 квартиры. Если брак будет расторгнут до полного погашения кредита, то доли будут оперделяться исходя из сумм, погашенных в период брака и после его расторжения.

Если Вы хотите изменить этот режим, то можно будет заключить брачный договор, в котором изменить этот порядок по соглашению с супругой.

Если отец согласен, то он может отказаться от участия в приватизации, дав согласие на приватизацию комнаты Вами единолично. Отказ должен быть удостоверен нотариально или подан отцом лично в агентство по приватизации. Приватизированная комната даже в период состояния в браке является Вашей единоличной собственностью и к нажитому в браке имуществу не относится (ст.36 СК РФ). Если хотите, чтобы при разделе имущества, а именно купленной в браке квартиры, Ваша доля была больше, чем доля супруги, то необходимо заключить об этом с ней у нотариуса брачный контракт (ст. ст.40-42 СК РФ). В противном случае продажа комнаты должна происходить с одновременной покупкой квартиры и безналичной формой расчётов, чтобы иметь письменные доказательства внесения при покупке денег от продажи комнаты, что может не устроить продавца квартиры. При разделе имущества делится поровну не только имущество, но и долги, оставшиеся не выплаченными к моменту раздела и сделанные в общесемейных интересах на покупку квартиры (ст. ст.34,38,39 СК РФ). Таким образом, если жена будет претендовать на половину купленной в браке на совместные средства доли квартиры, то должна будет выплатить Вам половину оставшихся невыплаченными сумм по ипотечному кредиту.