Как решить конфликт между молодым специалистом и пенсионером-инвалидом при объединении должности заместителя директора-ответственного секретаря?

Ошибочное мнение, что человек ранее занимающий ВНОВЬ вводимую должность имеет преимущество перед другими работниками на эту должность.

В вашем случае идет обыкновенное сокращение и вопрос о предоставлении преимуществ решается в общем порядке, ст. 179 ТК РФ -

При сокращении численности или штата работников преимущественное право на оставление на работе предоставляется работникам с более высокой производительностью труда и квалификацией.

При равной производительности труда и квалификации предпочтение в оставлении на работе отдается: семейным - при наличии двух или более иждивенцев (нетрудоспособных членов семьи, находящихся на полном содержании работника или получающих от него помощь, которая является для них постоянным и основным источником средств к существованию); лицам, в семье которых нет других работников с самостоятельным заработком; работникам, получившим в период работы у данного работодателя трудовое увечье или профессиональное заболевание; инвалидам Великой Отечественной войны и инвалидам боевых действий по защите Отечества; работникам, повышающим свою квалификацию по направлению работодателя без отрыва от работы.

Коллективным договором могут предусматриваться другие категории работников, пользующиеся преимущественным правом на оставление на работе при равной производительности труда и квалификации.