Если договор займа был заключен в 2001 году, то срок исковой давности истек?

Однозначно ответить нельзя. Имеется в виду срок исковой давности. Но он и ранее был 3 года. Это разные сроки были для признания сделки недействительной, но, судя по тексту вопроса, никто договор займа недействительным признавать не собирается.

А вот по общему сроку исковой давности срок начинает отсчитываться не с момента заключения договора, а с момента, когда он должен быть исполнен (завершен). Причем законодатель сформулировал это еще точнее - с момента, когда лицо узнало о нарушении своего права (в общем случае это как раз когда в указанный срок обязательства по договору не были исполнены).

Кроме того, существует возможность, что был перерыв срока. и срок начал отсчитываться заново, или было приостановление сроков. Именно поэтому корректно ответить нельзя, надо знать все обстоятельства.

ГК РФ.

"Статья 196. Общий срок исковой давности

Общий срок исковой давности устанавливается в три года.

Статья 200. Начало течения срока исковой давности

1. Течение срока исковой давности начинается со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права. Изъятия из этого правила устанавливаются настоящим Кодексом и иными законами.

2. По обязательствам с определенным сроком исполнения течение исковой давности начинается по окончании срока исполнения.

По обязательствам, срок исполнения которых не определен либо определен моментом востребования, течение исковой давности начинается с момента, когда у кредитора возникает право предъявить требование об исполнении обязательства, а если должнику предоставляется льготный срок для исполнения такого требования, исчисление исковой давности начинается по окончании указанного срока.

3. По регрессным обязательствам течение исковой давности начинается с момента исполнения основного обязательства.

Статья 202. Приостановление течения срока исковой давности

1. Течение срока исковой давности приостанавливается:

1) если предъявлению иска препятствовало чрезвычайное и непредотвратимое при данных условиях обстоятельство (непреодолимая сила);

2) если истец или ответчик находится в составе Вооруженных Сил, переведенных на военное положение;

3) в силу установленной на основании закона Правительством Российской Федерации отсрочки исполнения обязательств (мораторий);

4) в силу приостановления действия закона или иного правового акта, регулирующего соответствующее отношение.

2. Течение срока исковой давности приостанавливается при условии, если указанные в настоящей статье обстоятельства возникли или продолжали существовать в последние шесть месяцев срока давности, а если этот срок равен шести месяцам или менее шести месяцев - в течение срока давности.

3. Со дня прекращения обстоятельства, послужившего основанием приостановления давности, течение ее срока продолжается. Остающаяся часть срока удлиняется до шести месяцев, а если срок исковой давности равен шести месяцам или менее шести месяцев - до срока давности.

Статья 203. Перерыв течения срока исковой давности

Течение срока исковой давности прерывается предъявлением иска в установленном порядке, а также совершением обязанным лицом действий, свидетельствующих о признании долга.

После перерыва течение срока исковой давности начинается заново; время, истекшее до перерыва, не засчитывается в новый срок".