Помогите разобраться с этой проблемой пожалуйста и как быть в этом случае?!

Это сказано в ст. 115 ТК РФ -

Ежегодный основной оплачиваемый отпуск предоставляется работникам продолжительностью 28 календарных дней.

Ежегодный основной оплачиваемый отпуск продолжительностью более 28 календарных дней (удлиненный основной отпуск) предоставляется работникам в соответствии с настоящим Кодексом и иными федеральными законами.

Главное, что такой формулировки как "отпуск за фактически отработанное время" трудовой кодекс не содержит, следовательно такую формулировку применять не следует.

Трудовой кодекс предусматривает только разделение отпуска на части, ст. 125 ТК РФ -

По соглашению между работником и работодателем ежегодный оплачиваемый отпуск может быть разделен на части. При этом хотя бы одна из частей этого отпуска должна быть не менее 14 календарных дней.

Отзыв работника из отпуска допускается только с его согласия. Неиспользованная в связи с этим часть отпуска должна быть предоставлена по выбору работника в удобное для него время в течение текущего рабочего года или присоединена к отпуску за следующий рабочий год.

Не допускается отзыв из отпуска работников в возрасте до восемнадцати лет, беременных женщин и работников, занятых на работах с вредными и (или) опасными условиями труда.

поэтому в вашем случае лучше работнику лучше разделить отпуск так, чтобы одна из его частей была равна фактически отработанному времени. В таком случае ни какого нарушения тут не будет и у работодателя не возникнет переплаты отпускных сумм в случае увольнения работника после или во время отпуска.