Как решить проблемы с фамилиями в документах ребенка при получении миграционного учета в России?

На момент рождения ребенка (2000 г родился в РФ свид-во о рождении РФ) мы, его родители, были гражданами Узбекистана, брак заключался в 1999 г в Узбекистане, моя жена взяла мою фамилию. В 2001 г мы получили гр-во Таджикистана, на этом этапе моя жена перешла опять на свою девичью фамилию и получила паспорт гр-ки Таджикистана с девичьей фамилией, а затем в Посольстве РФ в Таджикистане мы получили гражданство РФ (жена-фамилия девичья). Гражданство РФ своему ребенку не делали т. к. были уверены, в РФ он его без проблем получит. Теперь имеем проблемы: в свидетельстве о рождении у ребенка и у матери в паспорте РФ-разные фамилии (подтвердить факт смены фамилии документально нечем), ребенок постоянно проживал, с момента рождения на территории рф, зарегистрирован в квартире жены с 2007 (подтверждается справкой из домовой книги), но, ФМС требует его выписать (т.к. они не смогут поставить на миграционный учет), получить миграционку и поставить на учет? ЖЭУ выписать отказывается т.к. нет оснований куда его выписывать. Подскажите пожалуйста, что делать? Может жене снова сменить фамилию, чтобы не было разночтений. На сколько я понимаю, здесь опять возникнут проблемы с ее свидетельством о рождении (узбекистан) и сводетельством о браке (узбекистан+смена фамилии уже была) Гражданство по отцу, получать очень проблематично (есть причины описывать не буду), да и прописан я в другой области у чужих людей. Заранее благодарю.