Фирма не выполнила договор на разработку прототипа электронного устройства и задолжала миллион рублей - как взыскать средства, если у нее их нет?

Взыскать свои деньги вы сможете только в судебном порядке. Что касается штрафа, то взыскать его реально, а какой размер взыщите - зависит от позиции вашего ответчика

Взыскать - термин довольно обширный, некоторые понимают это как удовлетворение иска о взыскании денежных средств. Такое решение, если есть договор, скорее всего, Вы получите. А вот сами деньги, если Вы пишете что у фирмы ничего нет - сами думайте. В любом случае, имея решение суда, у Вас шансов становится больше, хотя бы потому, что решение суда подлежит принудительному исполнению, и срок этот не ограничен.

В любом случае необходимо взыскивать долг в претензионно-исковом порядке? Документы на руках?

Получить судебное решение в Вашу пользу-реально, а вот сможете ли вы получить деньги-зависит от ряда факторов (ведет ли фирма деятельность, есть ли имущество на балансе, есть ли движение денежных средств на счете).

В любом случае не стоит слушать обещания, подавайте претензию и в случае отказа-обращайтесь в суд.

Буду рада Вам помочь-обращайтесь

Вам надо обращаться с иском в суд, взыскивать и деньги обратно и штраф. Не факт, что штраф взыщут полностью, но тем не менее.

Относительно "у фирмы их нет" (денег), Вы понимаете, не может работающая компания быть вообще без денег. Может быть не сразу, но если только она не закроется, то вернуть можно.