Я, генеральный директор увольняюсь по собст.

На сколько я понял, Вас беспокоит именно наличие сведений в ИФНС, о том что Вы являетесь гендиректором. Так вот, можно просто сообщить в налоговую, что сложили свои полномочия, а также приложить к этому письму копию заявления об увольнении (с отметкой о получении)

Статья 40. Единоличный исполнительный орган общества

1. Единоличный исполнительный орган общества (генеральный директор, президент и другие) избирается общим собранием участников общества на срок, определенный уставом общества. Единоличный исполнительный орган общества может быть избран также и не из числа его участников.

Договор между обществом и лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества, подписывается от имени общества лицом, председательствовавшим на общем собрании участников общества, на котором избрано лицо, осуществляющее функции единоличного исполнительного органа общества, или участником общества, уполномоченным решением общего собрания участников общества.

2. В качестве единоличного исполнительного органа общества может выступать только физическое лицо, за исключением случая, предусмотренного статьей 42 настоящего Федерального закона.

3. Единоличный исполнительный орган общества:

1) без доверенности действует от имени общества, в том числе представляет его интересы и совершает сделки;

2) выдает доверенности на право представительства от имени общества, в том числе доверенности с правом передоверия;

3) издает приказы о назначении на должности работников общества, об их переводе и увольнении, применяет меры поощрения и налагает дисциплинарные взыскания;

4) осуществляет иные полномочия, не отнесенные настоящим Федеральным законом или уставом общества к компетенции общего собрания участников общества, совета директоров (наблюдательного совета) общества и коллегиального исполнительного органа общества.

4. Порядок деятельности единоличного исполнительного органа общества и принятия им решений устанавливается уставом общества, внутренними документами общества, а также договором, заключенным между обществом и лицом, осуществляющим функции его единоличного исполнительного органа.