Несправедливые действия по отношению к методисту - как защитить себя в новой ситуации?

Вы можете обратиться с Заявлениями (2 экземпляра) в Государственную инспекцию по труду, в Прокуратуру, но лучше сразу в районный Суд (госпошлиной не облагается) с Исковым заявлением (3 экземпляра), от Прокуратуры толку мало, там конвейер по производству Отписок хорошо работает. Вы можете ссылаться на документы, свидетельские показания и Постановление Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 17 марта 2004 г. N 2 "О применении судами Российской Федерации Трудового кодекса Российской Федерации" - данное Постановление дает Вам право обращаться в Суд и по истечении 3 месяцев.

Что ей предпринять в таких условиях?

Ничего особенного.

Есть трудовой договор, есть должностная инструкция.

Соблюдать их и не поддаваться на провокации.

Вы не обозначили ни одного незаконного действия руководителя кафедры.

Поэтому реагировать пока не на что.

Действовать надо на опережение, иначе найдут повод и уволят. Ей надо подать жалобу в прокуратуру района, в которой оговорить указанные обстоятельства и просить принятия мер прокурорского реагирования. Также подать заявление в трудовую инспекцию, которая имеет большие полномочия, выдает предписания об устранении нарушений трудовых прав, применяет большие штрафы. Эти шаги помогут в будущем при незаконном увольнении. Если нужна будет помощь в составлении документов, заявлений, жалоб - обращайтесь.