Подскажите на какие документы я могу сослаться или практика арбитражных дел.

Попробуйте, но это, скорее всего, не поможет. Практика исходит как раз из обратного - в момент проверки все необходимые документы должны быть на месте, оправдания типа "бухгалтер куда-то засунул" во внимание не принимаются. Разве что если обжаловать результаты налоговой проверки, в т.ч. и в судебном порядке, доказав при этом суду, что эти документы действительно не могли быть представлены во время проверки и Вы об этом сообщали проверяющим.

В силу положений п.6 ст. 100 НК РФ, в случае несогласия с выводами и фактами, изложенными в акте проверки, вы вправе в течение 15 дней со дня получения акта представить в налоговый орган не только письменные возражения по указанному акту, но и приложить к письменным возражениям или в согласованный срок передать в налоговый орган документы (их заверенные копии), подтверждающие обоснованность своих возражений.

Руководитель налогового органа обязан рассмотреть представленные возражения и приложенные документы и учитывать их при принятии решения (ст. 101 НК РФ).

Противоречивость судебной практики имеет место только по документам, поданным в суд, тогда как в налоговый орган при проверке такие документы не представлялись. А в вашем случае налоговики обязаны принять ваши документы и рассмотреть их. И в случае дальнейшего спора в суде, такие документы будут считаться как представленные в налоговый орган, поскольку руководитель налогового органа, при принятии решения, с учетом представленных вами документов, может изменить выводы, изложенные в акте, т.е. принять ваши возражения.