Добавление к должностной инструкции шкипера на судне - подчинение начальнику ремонтно-отстойного пункта после окончания навигации - правомерное решение?

Нет. Для того чтоб внести изменения в должностную инструкции Вас должны уведомить не менее чем за два месяца об изменении существенных условий трудового договора. Вы могли отказаться и уволились бы с получением двухнедельной компенсацией

Согласно статье 60 ТК РФ Запрещается требовать от работника выполнения работы, не обусловленной трудовым договором, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами. Такое решение о поручении дополнительной работы , принятое в одностороннем порядке незаконно. Дополнительная работа наряду с основной работой может быть поручена работнику только с его согласия и за доплату согласно статье 60 .2 ТК РФ . А если речь идет об изменении трудовой функции путем добавления обязанностей в должностной инструкции, которая должна быть приложением к трудовому договору, поскольку содержит перечень функциональных обязанностей, то такое изменение трудовое законодательство трактует как перевод на другую работу , который возможен только с согласия работника

Путем заключения соглашения об изменении трудового договора (ст. 72.1 ТК РФ).

Имеете право отказаться от дополнительной работы в порядке самозащиты своих прав путем подачи заявления на имя работодателя согласно закону. (Ст. 352, 379 ТК РФ )

Основание. Ст. 379 ТК РФ. В целях самозащиты трудовых прав работник, известив работодателя или своего непосредственного руководителя либо иного представителя работодателя в письменной форме, может отказаться от выполнения работы, не предусмотренной трудовым договором, а также отказаться от выполнения работы, которая непосредственно угрожает его жизни и здоровью, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами. На время отказа от указанной работы за работником сохраняются все права, предусмотренные трудовым законодательством и иными актами, содержащими нормы трудового права.

В целях самозащиты трудовых прав работник имеет право отказаться от выполнения работы также в других случаях, предусмотренных настоящим Кодексом или иными федеральными законами.

Статья 380. Обязанность работодателя не препятствовать работникам в осуществлении самозащиты

Работодатель, представители работодателя не имеют права препятствовать работникам в осуществлении ими самозащиты трудовых прав.