Проблемы с регистрацией права собственности на квартиру после постройки пристроя - в какой суд обратиться и как найти выход из ситуации?

Добрый день!В 2012 г.умер отец.Моя Мама(его жена) и я (его дочь) вступили в наследство по закону на долю отца.Они были 2 собственника.Есть квартира(1/2 часть дома) в сельской местности .Т.е дом состоит из 2-ух квартир,в одной проживаем мы,в другой наши соседи.К этой квартире был дополнительно возведен пристрой(жилая площадь)давно,еще до смерти отца,но документально никак не оформленный.В свид-ве на получения наследства по закону указана 1/2 доля квартиры состоящая из четырех комнат ,полезная площадь 49 кв.м,жилой 38.9кв.м с сылкой на договор от 1994.Но в договоре от 94.г числится 2 комнаты 50 кв.м в том числе живой 30.6кв.м.Сейчас на данный момент вместе с пристроем у нас 4 комнаты.Для того чтобы документально оформить пристрой мной были собраны документы:проведена геодезия зем.участка,выдан межевой план,кадастровый паспорт земельного участка,кадастровая выписка о земельном участке,сведетельство госуд.регистрации права на зем.участок,выдан градостроит.план земельного участка,получено разрешение на строительство(реконструкцию объекта капитального строительства),разрешение на ввод объекта в эксплуатацию,заключение из БТИ о несоответствии площадей( в котором указано что по данным договора передачи жилых помещений в собственность граждан от 94г квартира состоит из 3 ех жилых комнат общ.площадью 50 квюм в т.ч живой 30.6 по данным тех.паспорта от 2013 г.квартира состоит из 4 ех жилых комнат общей площадью 74.3 в т.ч жилой 49.3 кв.м в 2000 г.возведен пристрой 25.3 кв.м),кадастровый паспорт помещения,технич.план и технич.паспорт.В результате сбора этой мукулатуры в течении 9 мес.я принесла ее в РОСРЕЕСТР для регистрации права собственности на квартиру,где консультант оповестил меня о том что в свид-ве о наследсве по закону и кадастровом паспорте помещения идет несоответствие площадей и скорее всего после принятия док-ов регистратор нам откажет.При этом нужно заплатить пошлину с каждого т.е всего 4000 которые в случае отказа нам не возвратятся,если мы все таки решимся.И посоветовала обратиться в суд.А также уточнить в суде нужен ли нам официальный отказ.Вопрос такой: в какой суд нам стоит обратиться?а также Что все таки можно сделать в данной ситуации(может есть какие то альтернативные выходы).Ведь действительно везде разные площади и кол-во комнат.Спасибо!