Как правильно должен решаться этот вопрос?

Уважаемый Олег! Вы поступили неправильно. Покупка 3-х комнатной квартиры у родителей не лишала Вас возможности получить вычет при покупке квартиры в соответствии с пп.2 п.1 ст.220 НК РФ. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный пп.2 п.1 ст.220 НК РФ, не применяется в случае, если сделка купли - продажи жилого дома или квартиры совершается между физическими лицами, являющимися взаимозависимыми в соответствии с п.2 ст.20 НК РФ.Согласно п.2 ст.20 НК РФ суд может признать лица взаимозависимыми по иным основаниям, не предусмотренным п.1 ст.20 НК РФ, если отношения между этими лицами могут повлиять на результаты сделок по реализации товаров (работ, услуг). Взаимозависимость в связи с родственными отношениями сторон указана в пп.3 п.1 ст.20 НК РФ, поэтому родственные отношения в таком случае не являются основанием к отказу в предоставлении вычета, а взаимозависимость по другим основаниям должна быть установлена судебным решением, чтобы в предоставлении вычета отказали. Вы могли получить вычет по 3-х комнатной квартире, но подали заявление на вычет по ранее купленной 2-х комнатной. Вычет Вам предоставили ошибочно, а поскольку Вы квартиру к моменту получения вычета продали, далее вычет Вы не получите, т.к не сможете предъявить подлинный договор купли-продажи 2-х комнатной квартиры и св-во о праве собственности, а это обязательные документы для получении вычета в последующие годы. Право на вычет действует до момента отчуждения квартиры, по которой предоставляется вычет. Повторно получить вычет Вы уже не сможете, т.к право на вычет предоставляется один раз. Попробуйте сходить в налоговую инспекцию, вернуть им полученную сумму вычета, как полученную ошибочно и подайте документы на вычет по 3-х комнатной квартире.