Что может грозить за неуплату недостачи в магазине.

материальная ответственность. кроме того при определенных обстоятельствах, по заявлению магазина существует вероятность привлечение к уголовной ответственности. еще раз повторюсь все зависит от обстоятельств

Если недостача подтверждена документально, могут высчитать из зарплаты.

ничего не грозит, работодатель вправе обратиться в суд и взыскать недостачу в судебном порядке - но в любом случае вина материально-ответственного лица в недостаче должна быть доказана - ст. 247 ТК

Статья 247. Обязанность работодателя устанавливать размер причиненного ему ущерба и причину его возникновения

[Трудовой кодекс РФ] [Глава 39] [Статья 247]

До принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.

Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт.

Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их в порядке, установленном настоящим Кодексом.