Пропущен ли нами срок исковой давности для предъявления иска об обязании проектировщика устранить дефекты проекта или в данном случае ст.724 ГК РФ не применяется?

Практически по любому спорному вопросу можно найти как положительную, так и отрицательную практику (подбор арбитражной практики - длительное занятие, его следует поручить либо штатному юристу, либо юристу, который будет вести дело, получая за это вознаграждение). Но, к сожалению, при грамотном подходе со стороны юриста ответчика дело будет Вашей организацией проиграно - вне зависимости от того, какие постановления будут извлечены "на свет Божий".

Если интересует логика, она изложена ниже.

В ст.724 указано, что "если иное не установлено законом или договором подряда, заказчик вправе предъявить требования, связанные с ненадлежащим качеством результата работы, при условии, что оно выявлено в сроки, установленные настоящей статьей".

Из данной нормы следует, что законодательством могут быть установлены иные сроки.

В ст.761 ГК РФ указано, что "подрядчик ... несет ответственность за ... недостатки, обнаруженные впоследствии в ходе строительства".

Чтобы проверить, не является ли норма ст.761 ("в ходе строительства" специальным случаем, на который указано в ст.724, смотрим, что понимается под сроками, и как они устанавливаются.

"Срок определяется календарной датой или истечением периода времени, который исчисляется годами, месяцами, неделями, днями или часами. Срок может определяться также указанием на событие, которое должно неизбежно наступить" (ст.190 ГК РФ).

Поскольку указание на "ход строительства" не подпадает ни под один из возможных способов указания срока, норма ст.761 не устанавливает правил, исключающих применение ст.724 ГК РФ.

Но, разумеется, то, что я привёл эту аргументацию здесь, не означает, что точно такая же аргументация будет у юриста ответчика. Поэтому не следует заранее считать данное дело проигрышным.