В новой как и в старой зарегистрированы мы вдвоем с сыном, муж с нами не проживает и где находится не известно.

странно, это не основание для не принятия к производству судом иска о расторжении брака. подайте снова иск в суд о расторжении брака, если получите Определение об отказе в принятии иска к производству обжалуйте его в вышестоящий суд. Могу дать координаты хорошего адвоката в С-Петербурге, если надо пишите на мою эл.почту дам координаты

Вас обязаны развести в судебном порядке. То, что у Вас не приняли иск по мотивам "муж иностранец" - полная отсебятина, не имеющая ничего общего с законом (скорее всего, личная инициатива канцелярии судебного участка, куда Вы носили заявление и документы). Составляйте новый нормальный иск, в нем укажите, что настоящее место жительства ответчика неизвестно, последнее известное место жительства ответчика в пределах РФ - такое-то (адрес).

По поводу квартиры - да, у Вас есть неплохие шансы сохранить эту квартиру в личной собственности, но главное - воспользоваться вовремя этими шансами, грамотно подобрать документы и иные доказательства, после чего уже признавать квартиру личной собственностью (опять-таки, в судебном порядке, никуда не деться).

По поводу долгов - мало информации. Возможно, есть шансы также избежать их выплаты. Если Вы выплачиваете долги мужа по собственной инициативе - не спешите это делать! Лучше напишите, что за долги, перед кем, когда и при каких обстоятельствах образовались и иные существенные обстоятельства.

Удачи.