Я гражданин РБ, живу и работаю Москве три года (на территории союзного государства Росии и Белорусии)

Жить и работать мало.

Требуется также регистрация по месту жительства и разрешение на проживание.

Договоры о создании Союзного государства не содержат положений об отмене разрешений на проживание. Более того, в них прямо указано, например, что обмен жилыми помещениями является основанием для выдачи разрешения на проживание.

Вот так- государство союзное, гражданство- союзное, а разрешения- как для иностранцев. Правда, беспрепятственно.

Что касается ставки налога, то налоговым резидентом РФ является гражданин России или иностранный гражданин, находившийся на территории РФ 181 календарный день в году. Ставка 13 процентов действует только для налоговых резидентов (гражданство тут не при чем).

Для российских граждан, имеющих регистрацию на 1 января в России, ставка 13 процентов применятся сразу с 1 января, не дожидаясь момента, когда они проживут на Родине 181 день. Впрочем, если уедут за границу до истечения срока в 181 день- и им налог пересчитают по ставке 30 процентов.

Для иностранцев действует иные правила. Если они постоянно проживают в РФ (имеют разрешение на постоянное проживание, или вид на жительство, и заключенный трудовой договор на неопределенный срок по состоянию на 1 января)- тогда и для них ставка 13 процентов применяется сразу с 1 января.

В других случаях применяется ставка 30 процентов до того дня, когда подтвержденный регистрацией срок пребывания в РФ не достигнет 181 дня. После этого налог пересчитывается по ставке 13 процентов, излишне уплаченные суммы возвращаются.

П.3 ст. 224 НК говорит, что налоговая ставка в размере 30 процентов устанавливается в отношении всех доходов, получаемых физическими лицами, не являющимися налоговыми резидентами РФ. Налоговый резидент - это физические лица, фактически находящиеся на территории Российской Федерации не менее 183 дней в календарном году (ст.11 НК РФ). Следовательно, работодатель не прав, т.к. в целях налогообложения вы являетесь налоговым резидентом, потому что проживаете на территории РФ более 180 дней в календарном году. Налоговая ставка в отношении налоговых резидентов установлена в размере 13%.