Что означает пункт в Договоре подряда По настоящему договору ст.317.1 ГК РФ не применяется.?

Статья 317.1. Проценты по денежному обязательству

1. Если иное не предусмотрено законом или договором, кредитор по денежному обязательству, сторонами которого являются коммерческие организации, имеет право на получение с должника процентов на сумму долга за период пользования денежными средствами. При отсутствии в договоре условия о размере процентов их размер определяется ставкой рефинансирования Банка России, действовавшей в соответствующие периоды (законные проценты).

2. Условие обязательства, предусматривающее начисление процентов на проценты, является ничтожным, за исключением условий обязательств, возникающих из договоров банковского вклада или из договоров, связанных с осуществлением сторонами предпринимательской деятельности.

Это значит, Вам не нужно будет оплачивать дополнительный законный процент за пользование займом (кредитом), который приравнивается к ставке рефинансирования.

Это означает, что в отношении любых денежных обязательств сторон по договору, проценты на сумму долга за период пользования денежными средствами в соответствии со статьей 317.1 ГК РФ не начисляются.

Ст. 317.1 ГК РФ

Если иное не предусмотрено законом или договором, кредитор по денежному обязательству, сторонами которого являются коммерческие организации, имеет право на получение с должника процентов на сумму долга за период пользования денежными средствами...

Полагаю, в Вашем случае право на получение процентов договором не предусмотрено, но нужно смотреть этот пункт в контексте всего договора.