С чего нам нужно начать, какими должны быть наши действия?

К сожалению, пока у нее не будет паспорта выписать ее нельзя. Можно пробовать по решению суда только. Что касается сына, то он несовершеннолетний - выписка с согласия органа опеки и попечительства. То, что он в тюрьме не может служить основанием для его выписки. Просите ЖЭК пересчитать квартплату на проживающих, представьте доказательства того, что эти лица не проживают в квартире.

Уважаемая Светлана!

Полагаем, что Вы можете инициировать в суде процесс в отношении бывшей жены, при этом Вы можете не поднимать вопрос об утери ею паспорта, пусть этим займется прокуратура -

Статья 61 ЖК РФ. Порядок признания лица утратившим право пользования жилым помещением

Признание лица утратившим право пользования жилым помещением вследствие отсутствия этого лица сверх установленных сроков производится в судебном порядке.

Статья 45 ГПК. Участие в деле прокурора

3. Прокурор вступает в процесс и дает заключение по делам о выселении, о восстановлении на работе, о возмещении вреда, причиненного жизни или здоровью, а также в иных случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и другими федеральными законами, в целях осуществления возложенных на него полномочий. Неявка прокурора, извещенного о времени и месте рассмотрения дела, не является препятствием к разбирательству дела.