Как получить справку об отсутствии непогашенных судимостей для СРО аудиторов в соответствии с законом об аудите?

Никак не получите, если только через суд. И то, маловероятно. Придется судиться с МВД.

Проблема в том, что МВД России утвердило форму и порядок выдачи справки о наличии (отсутствии) судимости и (или) факта уголовного преследования для целей, которые определяются .в частности, Трудовым кодексом Российской Федерации, направленным на недопущение предоставления работодателю неполных сведений о судимости либо об уголовном преследовании при трудоустройстве в соответствующих сферах, в частности связанной с обеспечением и обслуживанием несовершеннолетних.

Вам как раз и выдали такую справку.

При этом МВД РФ не разработало форму и порядок предоставления справок об отсутствии неснятой и непогашенной судимости за определенные виды и (или) категории преступлений, форму и порядок выдачи которой МВД России обязан был утвердить во исполнение норм федеральных законов, направленных на применение запретов занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью в отношении лиц с непогашенной и неснятой судимостью за строго определенные категории и (или) виды преступлений обработке персональных.

Вам нужно обращаться с исковыми заявлениями в суд.

Первый возможный иск - об оспаривании неправомерного бездействия МВД России, выразившегося в незаконном неутверждении формы и порядка выдачи справки об отсутствии неснятой и непогашенной судимости за определенные виды и (или) категории преступлений, форму и порядок выдачи которой МВД России обязано было утвердить во исполнение норм федеральных законов, направленных на применение запретов занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью в отношении лиц с непогашенной и неснятой судимостью за строго определенные категории и (или) виды преступлений

Второй возможный иск - о признании недействующим соответствующего пункта Приказа МВД РФ от 07.11. 2011 № 1121.

Рекомендую использовать оба варианта! При этом воспользуйтесь услугами представителя. Придется, ибо подать в Верховный Суд иск можно лишь имея высшее юридическое образование