Одобрит ли Пенсионный фонд сделку по выкупу части 3-комнатной квартиры на материнский капитал, если одна треть принадлежит сыну, другая треть была подарена с пожизненным проживанием

Да, должен одобрить. Условие договора дарения о неком пожизненном проживании - ничтожно. То есть, недействительно независимо от признания его таком судом.

Но для применения последствий недействительности ничтожной сделки необходимо обращаться в суд. Кроме этого, для признания зарегистрированного - утратившим право пользования жилым помещением, если он там проживал и не намерен добровольно сниматься с регистрационного учета Вам придется обратиться в суд. А если никогда не проживал, то просить суд признать его не приобретшим право пользования жилым помещением.

Статья 166. Оспоримые и ничтожные сделки

(в ред. Федерального закона от 07.05.2013 N 100-ФЗ)

1. Сделка недействительна по основаниям, установленным законом, в силу признания ее таковой судом (оспоримая сделка) либо независимо от такого признания (ничтожная сделка).

3. Требование о применении последствий недействительности ничтожной сделки вправе предъявить сторона сделки, а в предусмотренных законом случаях также иное лицо.

Статья 168. Недействительность сделки, нарушающей требования закона или иного правового акта

(в ред. Федерального закона от 07.05.2013 N 100-ФЗ)

Статья 181. Сроки исковой давности по недействительным сделкам

(в ред. Федерального закона от 21.07.2005 N 109-ФЗ)

1. Срок исковой давности по требованиям о применении последствий недействительности ничтожной сделки и о признании такой сделки недействительной (пункт 3 статьи 166) составляет три года. Течение срока исковой давности по указанным требованиям начинается со дня, когда началось исполнение ничтожной сделки, а в случае предъявления иска лицом, не являющимся стороной сделки, со дня, когда это лицо узнало или должно было узнать о начале ее исполнения. При этом срок исковой давности для лица, не являющегося стороной сделки, во всяком случае не может превышать десять лет со дня начала исполнения сделки.

(п. 1 в ред. Федерального закона от 07.05.2013 N 100-ФЗ)

Статья 572. Договор дарения

При наличии встречной передачи вещи или права либо встречного обязательства договор не признается дарением. К такому договору применяются правила, предусмотренные пунктом 2 статьи 170 настоящего Кодекса.

Статья 170. Недействительность мнимой и притворной сделок

2. Притворная сделка, то есть сделка, которая совершена с целью прикрыть другую сделку, в том числе сделку на иных условиях, ничтожна. К сделке, которую стороны действительно имели в виду, с учетом существа и содержания сделки применяются относящиеся к ней правила.

(п. 2 в ред. Федерального закона от 07.05.2013 N 100-ФЗ)