Недостача продуктов питания в магазине - как разобраться и защитить себя?

Обратитесь с заявлением в прокуратуру.

в данном случае обращайтесь в суд обжалуйте действия работодателя, если бы у вас была коллективная ответственность то тогда бы он мог бы еще распределить между вами, но здесь нужно было выяснить и вину каждого

ТК РФ, Статья 245. Коллективная (бригадная) материальная ответственность за причинение ущерба

При совместном выполнении работниками отдельных видов работ, связанных с хранением, обработкой, продажей (отпуском), перевозкой, применением или иным использованием переданных им ценностей, когда невозможно разграничить ответственность каждого работника за причинение ущерба и заключить с ним договор о возмещении ущерба в полном размере, может вводиться коллективная (бригадная) материальная ответственность.

Письменный договор о коллективной (бригадной) материальной ответственности за причинение ущерба заключается между работодателем и всеми членами коллектива (бригады).

По договору о коллективной (бригадной) материальной ответственности ценности вверяются заранее установленной группе лиц, на которую возлагается полная материальная ответственность за их недостачу. Для освобождения от материальной ответственности член коллектива (бригады) должен доказать отсутствие своей вины.

При добровольном возмещении ущерба степень вины каждого члена коллектива (бригады) определяется по соглашению между всеми членами коллектива (бригады) и работодателем. При взыскании ущерба в судебном порядке степень вины каждого члена коллектива (бригады) определяется судом.

при этом должен был провести проверку

ТК РФ, Статья 247. Обязанность работодателя устанавливать размер причиненного ему ущерба и причину его возникновения

До принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.

Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт.

(часть вторая в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их в порядке, установленном настоящим Кодексом.