Как обжаловать немотивированный отказ суда в удостоверении замечаний на протокол судебного заседания?

Такой отказ не обжалуется. Ваши замечания остаются в материалах дела. При обжаловании решения (если не в вашу пользу) на это можно ссылаться в апелляционной жалобе.

Ссылкой на закон, Статья 11. Нормативные правовые акты, применяемые судом при разрешении гражданских дел.

Суд обязан разрешать гражданские дела на основании Конституции Российской Федерации, международных договоров Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, нормативных правовых актов Президента Российской Федерации, нормативных правовых актов Правительства Российской Федерации, нормативных правовых актов федеральных органов государственной власти, конституций (уставов), законов, иных нормативных правовых актов органов государственной власти субъектов Российской Федерации, нормативных правовых актов органов местного самоуправления. Суд разрешает гражданские дела, исходя из обычаев делового оборота в случаях, предусмотренных нормативными правовыми актами. Суд, установив при разрешении гражданского дела, что нормативный правовой акт не соответствует нормативному правовому акту, имеющему большую юридическую силу, применяет нормы акта, имеющего наибольшую юридическую силу.

Статья 12. Осуществление правосудия на основе состязательности и равноправия сторон

Правосудие по гражданским делам осуществляется на основе состязательности и равноправия сторон.

Суд, сохраняя независимость, объективность и беспристрастность, осуществляет руководство процессом, разъясняет лицам, участвующим в деле, их права и обязанности, предупреждает о последствиях совершения или несовершения процессуальных действий, оказывает лицам, участвующим в деле, содействие в реализации их прав, создает условия для всестороннего и полного исследования доказательств, установления фактических обстоятельств и правильного применения законодательства при рассмотрении и разрешении гражданских дел.

Если было вынесено мотивированное определение на замечания к протоколу, то все это ляжет в основу вашей апелляционной жалобы, если иск не удовлетворят.