Вопрос алиментов - кто отслеживает индексацию и могут ли потребовать разницу за весь период?

Да могут, это называется задолженность и ее имеют право с вас взыскать, узнавайте в бухгалтерии предприятия, почему не всю сумму перечисляют они с вас.

Индексацию должен производить пристав или бухгалтер по месту работы (вашей)

если этого не было сделано. То взыскать могут с вашего работодателя - он виновен

Статья 117. Индексация алиментов

[Семейный кодекс РФ] [Глава 17] [Статья 117]

1. Судебный пристав-исполнитель, а также организация или иное лицо, которым направлен исполнительный документ в случае, установленном частью 1 статьи 9 Федерального закона от 2 октября 2007 года N 229-ФЗ "Об исполнительном производстве", производят индексацию алиментов, взыскиваемых по решению суда в твердой денежной сумме, пропорционально росту величины прожиточного минимума для соответствующей социально-демографической группы населения, установленной в соответствующем субъекте Российской Федерации по месту жительства лица, получающего алименты, при отсутствии в соответствующем субъекте Российской Федерации указанной величины производят эту индексацию пропорционально росту величины прожиточного минимума для соответствующей социально-демографической группы населения в целом по Российской Федерации.

2. Размер алиментов, взыскиваемых по решению суда в твердой денежной сумме, в целях их индексации устанавливается судом кратным величине прожиточного минимума, определенной в соответствии с правилами пункта 1 настоящей статьи, в том числе размер алиментов может быть установлен в виде доли величины прожиточного минимума.