Служащие сейчас обработывают мёртвые души и получают зарплаты, но можно ли наказать начальника за это?

Да, это реально. Привлечение к уголовной ответственности.

Уголовный кодекс Российской Федерации. Статья 292. Служебный подлог

1. Служебный подлог, то есть внесение должностным лицом, а также государственным служащим или муниципальным служащим, не являющимся должностным лицом, в официальные документы заведомо ложных сведений, а равно внесение в указанные документы исправлений, искажающих их действительное содержание, если эти деяния совершены из корыстной или иной личной заинтересованности (при отсутствии признаков преступления, предусмотренного частью первой статьи 292.1 настоящего Кодекса), -

(в ред. Федеральных законов от 08.04.2008 N 43-ФЗ, от 05.05.2014 N 96-ФЗ)

наказываются штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.

(в ред. Федерального закона от 07.12.2011 N 420-ФЗ)

2. Те же деяния, повлекшие существенное нарушение прав и законных интересов граждан или организаций либо охраняемых законом интересов общества или государства, -

наказываются штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо принудительными работами на срок до четырех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового, либо лишением свободы на срок до четырех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.

(в ред. Федерального закона от 07.12.2011 N 420-ФЗ)

(часть вторая введена Федеральным законом от 08.04.2008 N 43-ФЗ)

Чтобы наказать - надо доказательства иметь железные и обратиться в полицию. Здесь возможна ст. 160 УК РФ: присвоение. Многое зависит от длительности преступления, сумм и пр. Наказание суд определит. Ваше дело - обратиться в полицию, если хотите наказать. Сходите на очную консультацию к адвокату с документами.