Отпуск и оплата труда для сотрудника совмещающего две профессии в организации

Из вопроса не понятно работает ли работник в этой же организации по совместительству или же он осуществляет совмещение должностей. При совместительстве заключается отдельный трудовой договор на выполнение работы по совместительству в свободное от основной работы время, со всеми вытекающими из этого последствиями, включая предоставление гарантий, компенсаций и т.п. При совмещении должностей работник в течение основного рабочего времени выполняет обязанности как по своей основной должности, так и по должности, по которой он осуществляет совмещение. В этом случае дополнительный трудовой договор с ним не заключается и, соответственно, он не приобретает каких - либо прав, гарантий и компенсаций по этому договору. За совмещение должностей ему устанавливается доплата, размер которой определяет работодатель. Совмещение может быть поручено работнику только с его согласия.

Из вопроса понятно, что работник - т.н. внутренний совместитель у работодателя.

Отпуска по основной и совмещаемой должности должны предоставляться ОДНОВРЕМЕННО.

Разумеется, оплачивается и по основной и по совмещаемой должности отпуск. Зачем отражать это в приказе? Приказ даётся на сотрудника, а не на "должности". Да, за прошлые периоды необходимо доначислить компенсации на неиспользуемые отпуска. Что там у Вас в организации бухгалтер сидит и "ворон считает"? Не знает, как отпускные следует исчислять? Радуйтесь, что до сих пор на Вас работник в ГИТ не пожаловался"

Да, так в приказе и нужно писать, только вместо понятия "профессия" используется понятие "должность". Никаких разрешений на совместительство не требуется.