Может ли моя собственность быть зарегистрирована в местном управлении Росреестра, но отсутствовать в центральном управлении? Как предотвратить потерю недвижимости?

Сейчас я нахожусь за границей и у меня нет возможности на месте получить правильный ответ. В апреле 2016 года моя мать через нотариуса по договору дарения оформила на меня - 1/3 своей доли общей долевой собственности на меня. До этого я уже имел свою 1/3 доли в этой квартире. Таким образом я стал собственником 2/3 доли. Имею на руках св-во о гос. рег.права. Другая 1/3 доля осталась за братом. При оформлении в Управлении Россреестра г.Обнинска по Калужской области моя бывшая 1/3 доля была изъята из регистрации, а новая 2/3 зарегистрирована. Когда в феврале 2017 я хотел поставить на налоговый учёт свою новую собственность, в лич. кабинете налого-плательщика получил ответ, что 1/3, уже старой, моей доли не зарегистрировано, а новая 2/3 совсем отсутствует. А в графе - имущество собственника, квартира с долей вообще была зачёркнута. На что я отправил жалобу в эл.письме в местный ФНС. Там по моему случаю сделали запрос в Росреестр. Ответа я до сих пор не получил. Я звонил в управление Россреестра г.Обнинска, где мне подтвердили, что в базе моя собственность-2/3 доли у них есть.

Скажите пожалуйста! Может ли быть так, что в местном управлении Росреестра моя собственность зарегистрирована, а в центральном Управлении Росреестра нет? Исходя из вышесказанного, нет ли опасности вообще потерять моё единственное недвижимое имущество и какие шаги необходимо предпринять этом в случае?

С уважением Дмитрий.