Я сирота, и у меня сейчас временная регистрация, а вот если я сделаю постоянную прописку меня снимут с очереди на квартиру?

Нет, не снимут, поскольку вы не обеспечены своим жильем как сирота, наличие регистрации не означает, что вы обеспечены жильем и перестали быть нуждающимся.

Постоянная прописка еще не означает, что вам не полагается жилье. Основания для предоставления жилья определены в пункте 4 ст. 8 Федерального закона "О дополнительных гарантиях по социальной поддержке детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей" от 21.12.1996 N 159-ФЗ

Проживание детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, лиц из числа детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, в ранее занимаемых жилых помещениях, нанимателями или членами семей нанимателей по договорам социального найма либо собственниками которых они являются, признается невозможным, если это противоречит интересам указанных лиц в связи с наличием одного из следующих обстоятельств:

1) проживание на любом законном основании в таких жилых помещениях лиц:

лишенных родительских прав в отношении этих детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, лиц из числа детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей (при наличии вступившего в законную силу решения суда об отказе в принудительном обмене жилого помещения в соответствии с частью 3 статьи 72 Жилищного кодекса Российской Федерации);

страдающих тяжелой формой хронических заболеваний в соответствии с указанным в пункте 4 части 1 статьи 51 Жилищного кодекса Российской Федерации перечнем, при которой совместное проживание с ними в одном жилом помещении невозможно;

2) жилые помещения непригодны для постоянного проживания или не отвечают установленным для жилых помещений санитарным и техническим правилам и нормам, иным требованиям законодательства Российской Федерации;

3) общая площадь жилого помещения, приходящаяся на одно лицо, проживающее в данном жилом помещении, менее учетной нормы площади жилого помещения, в том числе если такое уменьшение произойдет в результате вселения в данное жилое помещение детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, лиц из числа детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей;

4) иное установленное законодательством субъекта Российской Федерации обстоятельство.

В частности, если вы пропишитесь в жилом помещении, где на одного прописанного приходится меньше 14 кв.м. общей площади жилого помещения, то вам полагается предоставление отдельного жилья.

Жилье придоставляется, по общему правилу, в случаях, если их проживание в ранее занимаемых жилых помещениях признается невозможным.