Как руководителю НКО перейти на государственную службу без длительных перебоев в работе организации?

Нужно увольняться. Государственный служащий не имеет право заниматься предпринимательской деятельностью лично или через доверенных лиц, участвовать в управлении коммерческой организацией или в управлении некоммерческой организацией (за исключением участия в управлении политической партией; участия в съезде (конференции) или общем собрании иной общественной организации, жилищного, жилищно-строительного, гаражного кооперативов, садоводческого, огороднического, дачного потребительских кооперативов, товарищества собственников недвижимости; участия на безвозмездной основе в управлении указанными некоммерческими организациями (кроме политической партии) в качестве единоличного исполнительного органа или вхождения в состав их коллегиальных органов управления с разрешения представителя нанимателя в порядке, установленном нормативным правовым актом государственного органа), кроме случаев, предусмотренных федеральными законами, и случаев, если участие в управлении организацией осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации от имени государственного органа.

Государственный служащий может быть как учредителем, так и участником некоммерческой организации. Поэтому можете спокойно оформляется на государственную службу, а рано или поздно вы всё-равно выйдете из вашей НКО.

Здравствуйте! Длительный процесс - это назначение нового руководителя. В данном случае применяются нормы Трудового кодекса, "задержать" Вас могут не более чем на две недели.