НДС - организация наказывается за неуплату пени, несмотря на полную оплату налога

Имеют право. Читайте статью 81 Налогового кодекса РФ:

4. Если уточненная налоговая декларация представляется в налоговый орган после истечения срока подачи налоговой декларации и срока уплаты налога, то налогоплательщик освобождается от ответственности в случаях:

1) представления уточненной налоговой декларации до момента, когда налогоплательщик узнал об обнаружении налоговым органом неотражения или неполноты отражения сведений в налоговой декларации, а также ошибок, приводящих к занижению подлежащей уплате суммы налога, либо о назначении выездной налоговой проверки по данному налогу за данный период, при условии, что до представления уточненной налоговой декларации он уплатил недостающую сумму налога и соответствующие ей пени;

Добрый день,

Чтобы правильно ответить на Ваш вопрос, необходима доп. информация.

Ориентиром может служить

Постановление Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами норм части первой Налогового кодекса Российской Федерации" (пункт 19)

Бездействие налогоплательщика, выразившееся исключительно в неперечислении в бюджет указанной в налоговой декларации или налоговом уведомлении суммы налога, не образует состав правонарушения, установленного статьей 122 НК РФ. В этом случае с него подлежат взысканию пени.

Более подробно могу проконсультировать в личном сообщении. Развернутая письменная консультация и два уточняющих вопроса стоят 1000 рублей. Территориально нахожусь в Вашем городе. Адрес почты: otvetprava@bk.ru, тел. 8 905 030 0043.