Проблемы с регистрацией права аренды на земельные участки - в чем возможные последствия и каковы мои права как победителя аукциона?

Здравствуйте! Обратите внимание, что в соответствии с ч.1 ст.612 ГК РФ

Арендодатель отвечает за недостатки сданного в аренду имущества, полностью или частично препятствующие пользованию им, даже если во время заключения договора аренды он не знал об этих недостатках. При обнаружении таких недостатков арендатор вправе по своему выбору:

потребовать от арендодателя либо безвозмездного устранения недостатков имущества, либо соразмерного уменьшения арендной платы, либо возмещения своих расходов на устранение недостатков имущества;

непосредственно удержать сумму понесенных им расходов на устранение данных недостатков из арендной платы, предварительно уведомив об этом арендодателя;

потребовать досрочного расторжения договора.

Арендодатель, извещенный о требованиях арендатора или о его намерении устранить недостатки имущества за счет арендодателя, может без промедления произвести замену предоставленного арендатору имущества другим аналогичным имуществом, находящимся в надлежащем состоянии, либо безвозмездно устранить недостатки имущества.

Если удовлетворение требований арендатора или удержание им расходов на устранение недостатков из арендной платы не покрывает причиненных арендатору убытков, он вправе потребовать возмещения непокрытой части убытков.

Согласно ч.2 ст.165 ГК РФ

Если сделка, требующая государственной регистрации, совершена в надлежащей форме, но одна из сторон уклоняется от ее регистрации, суд по требованию другой стороны вправе вынести решение о регистрации сделки. В этом случае сделка регистрируется в соответствии с решением суда.

Таким образом, если не хотите расторгать - не расторгайте. Требуйте для начала повторной подачи договора на регистрацию. Откажут - иди в суд, мотивируя нормой ст.165 ГК РФ. Предоставление других участков вместо этих требовать не можете, т.к. договор заключен на торгах и его предмет - именно эти участки.

Если администрация подаст в суд, можете в суде требовать возмещения убытков.