В ходе проверки не может ли этот договор быть переквалифицирован в трудовой?

1. Возможно.

2. Только НДФЛ.

3. Очень даже возможно. Как минимум штраф 5 000 рублей.

Главный недостаток, что вы не имеете права заключать с таким работником договор о полной материальной ответственности.

Не только может, но и будет. А Вы, соответственно оплатите все платежи которые обязаны оплатить за физ.лицо как за работдатель, а так же - штраф за занижение налогооблагаемой базы. С ГНИ такие фокусы не проходят.

В дополнение к сказанному Согласно п. 1 ст. 5 Федерального закона от 24.07.1998 N 125-ФЗ "Об обязательном социальном страховании от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний" физические лица, выполняющие работу на основании гражданско-правового договора, подлежат обязательному социальному страхованию от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний, если в соответствии с указанным договором страхователь обязан уплачивать страховщику страховые взносы.

Если в договоре подряда с физическим лицом уплата страховых взносов организацией в Фонд не предусмотрена, то обязанности уплачивать данные взносы у организации не возникает.

Если организация заключает с физическими лицами, не являющимися работниками организации, договоры подряда, то выплаты в пользу физических лиц, осуществляемые в рамках договоров подряда, подлежат обложению страховыми взносами во внебюджетные фонды.