Как подвести такое соглашение под реальный прямой ущерб, если договоры были заключены, а товары уходили третьим лицам?

Давайте по порядку.

Согласно п. 1 ст. 11 Закона о коммерческой тайне, в целях охраны конфиденциальности информации работодатель обязан:

1) ознакомить ПОД РАСПИСКУ работника, доступ которого к информации, составляющей коммерческую тайну, необходим для выполнения им своих трудовых обязанностей, с перечнем информации, составляющей коммерческую тайну, обладателями которой являются работодатель и его контрагенты;

2) ознакомить ПОД РАСПИСКУ работника с установленным работодателем режимом коммерческой тайны и с мерами ответственности за его нарушение;

3) создать работнику НЕОБХОДИМЫЕ УСЛОВИЯ для соблюдения им установленного работодателем режима коммерческой тайны.

Как видите, на работодателе в части соблюдения работником режима коммерческой тайны лежит достаточное количество обязанностей. При несоблюдении хотя бы одной из них вина работника в разглашении коммерческой тайны отсутствует.

Если работодателем были соблюдены все указанные условия, имеются основания для обращения в суд с иском к работнику о возмещении ущерба.

Есл не были соблюдены - тогда претензии к работнику необоснованны и действительно будут выглядеть как вымогательство. А "соглашение о добровольном возмещении ущерба", скорее всего, не будет иметь никакой юридической силы.