Скажите пожалуйста, какие есть правовые варианты решения моего вопроса о выполнении работ без учета рабочего времени?

В настоящее время я работаю на предприятии 10 лет. Должность инженер-злектроник. В моем трудовом договоре есть пункт, что я обязан соблюдать правила внутреннего трудового распорядка (где написано работа с 8 до 17 часов, но я ознакомлен устно без моей подписи) и установленный мне пятидневный режим рабочего времени продолжительностью 40 часов в неделю. Я проживаю далеко и до работы добираюсь 3 часа туда и 3 часа обратно. Однако я хорошо и в срок выполняю свою работу и, наверное, поэтому мое непосредственное начальство никогда фактически не учитывало время моего нахождения на рабочем месте и в том числе мои опоздания. Работу я выполняю самостоятельно (разработка электронного оборудования) при выполнении работ вовремя отчитываюсь и главное то, что ко мне замечаний нет.

Сейчас у нас делают «электронную проходную» и планируется, что данные об опозданиях и отработанном рабочем времени всех работников будут отправляться в бухгалтерию и далее вышестоящим руководством однозначно будет подниматься вопрос о перерасчетах з/п работникам и вынесении выговоров и увольнении за неоднократные нарушения режима рабочего времени.

Однако моя работа периодически занимает по времени несколько месяцев. Я даже согласен на выплату заработной платы после выполнения работ или поэтапно. Работу могу выполнять удаленно по свободному графику работы. Нет необходимости находиться в организации полный рабочий день (8 часов), появление на работе возможно либо по согласованию с руководителем в определенные часы и дни, либо в удобное для меня время, если это необходимо. У меня хорошая самодисциплина. Для решения должностных задач я сам могу управлять своим временем.

Мне нужно предложить руководству какое-то правовое решение моего вопроса, чтобы работодатель согласился. Например, я мог бы предложить руководству составить доп. соглашение к моему трудовому договору о свободном графике работы. Однако это доп. соглашение наверное будет неправомерным, потому, что например Трудовой Кодекс РФ не определяет «свободный режим работы» без учета рабочего времени. По ТК РФ определен только режим рабочего времени: нормированный, ненормированный, сменный (вахтовый), гибкий, с разделением на части. И всегда должна производиться отработка суммарного количества часов за учетный период.

Что делать? Скажите пожалуйста, какие есть правовые варианты решения моего вопроса о выполнении работ без учета рабочего времени?