Как в таком случае будут подписываться договора между этими юрлицами - одним и тем же лицом с обеих сторон?

В данном случае закон никаких ограничений не предусматривает, но устав общества может предусматривать такие ограничения.

Трудовой договор в данном случае подписывается, либо председателем Совета Директоров (если полномочия по формированию исполнительного органа отнесены к его компетенции) или Председательствующим на общем собрании участников, или иное лицо уполномоченное общим собранием на подписание ТД с гендиректором. (оформляется протоколом общего собрания).

Уважаемая Екатерина!

Такое совместительство не запрещено. В соответствии с законами "об акционерных обществах" и "Об обществах с ограниченной ответственностью" директор должен получить согласие соответствующего органа управления общества. Только этим ограничивается совместительство Генеральных директоров. Но даже если такое согласие не получено, сделки заключенные Генеральным директором не могут быть признаны не действительными. А вот при заключении сделок между организациями, в которых директором является обно и то же лицо, следует руководствоваться положениями законодательства о сделках, в которых имеется заинтересованность. Положения о порядке заключения таких сделок имеются в Законах "Об обществах с ограниченной ответственностью" и "Об акционерных обществах".

С уважением, Демидова Н.Г.