Как вернуть имущество предприятия после его ликвидации по инициативе НФС?

По всей видимости, ФНС исключила организацию, учредителем которой Вы являетесь, из ЕГРЮЛ, посчитав ее недействующим юридическим лицом. Такое решение можно обжаловать в суд. Если Вы не будете обжаловать ликвидацию организации или если суд признает ликвидацию правомерной, то в данном случае действует общий порядок ликвидации юридических лиц: учредитель назначает ликвидационную комиссию, которая публикует сообщение о ликвидации, принимает требования кредиторов; оставшееся после расчетов с кредиторами имущество ликвидируемого юридического лица передается учредителям.

Ольга, порядок действий урегулирован в ст. 64 ГК

5.2. В случае обнаружения имущества ликвидированного юридического лица, исключенного из единого государственного реестра юридических лиц, в том числе в результате признания такого юридического лица несостоятельным (банкротом), заинтересованное лицо или уполномоченный государственный орган вправе обратиться в суд с заявлением о назначении процедуры распределения обнаруженного имущества среди лиц, имеющих на это право. К указанному имуществу относятся также требования ликвидированного юридического лица к третьим лицам, в том числе возникшие из-за нарушения очередности удовлетворения требований кредиторов, вследствие которого заинтересованное лицо не получило исполнение в полном объеме. В этом случае суд назначает арбитражного управляющего, на которого возлагается обязанность распределения обнаруженного имущества ликвидированного юридического лица.

Заявление о назначении процедуры распределения обнаруженного имущества ликвидированного юридического лица может быть подано в течение пяти лет с момента внесения в единый государственный реестр юридических лиц сведений о прекращении юридического лица. Процедура распределения обнаруженного имущества ликвидированного юридического лица может быть назначена при наличии средств, достаточных для осуществления данной процедуры, и возможности распределения обнаруженного имущества среди заинтересованных лиц.

Процедура распределения обнаруженного имущества ликвидированного юридического лица осуществляется по правилам настоящего Кодекса о ликвидации юридических лиц.