Удерживание НДФЛ в договоре подряда - правомерно ли это для ИП, занимающегося грузоперевозками?

Нет. Этот пункт некорректен в отношении ИП. Во-первых, Вы ИП и сами платите за себя налоги (заказчик ООО не может в этом случае выступать, как Ваш налоговый агент по уплате НДФЛ), а, во-вторых, на УСН и ЕНВД ИП за себя НДФЛ не платит. Требуйте, чтобы этот пункт из договора убрали.

Очевидно они считают себя Вашим налоговым агентом; однако Вы самостоятельно определяете базу и уплачиваете налог, поэтому этот пункт не нужен

ч.2 НК РФ

"Налоговый кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 31.07.1998 N 146-ФЗ (ред. от 27.12.2018)

""НК РФ Статья 24. Налоговые агенты

""1. Налоговыми агентами признаются лица, на которых в соответствии с настоящим Кодексом возложены обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению налогов в бюджетную систему Российской Федерации.

(в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""2. Налоговые агенты имеют те же права, что и налогоплательщики, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом.

Обеспечение и защита прав налоговых агентов осуществляются в соответствии со статьей 22 настоящего Кодекса.

(абзац введен Федеральным законом от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

""3. Налоговые агенты обязаны:

""1) правильно и своевременно исчислять, удерживать из денежных средств, выплачиваемых налогоплательщикам, и перечислять налоги в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующие счета Федерального казначейства;

(в ред. Федеральных законов от 09.07.1999 N 154-ФЗ, от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""2) письменно сообщать в налоговый орган по месту своего учета о невозможности удержать налог и о сумме задолженности налогоплательщика в течение одного месяца со дня, когда налоговому агенту стало известно о таких обстоятельствах;

(пп. 2 в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""3) вести учет начисленных и выплаченных налогоплательщикам доходов, исчисленных, удержанных и перечисленных в бюджетную систему Российской Федерации налогов, в том числе по каждому налогоплательщику;

(пп. 3 в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""4) представлять в налоговый орган по месту своего учета документы, необходимые для осуществления контроля за правильностью исчисления, удержания и перечисления налогов;

""5) в течение четырех лет обеспечивать сохранность документов, необходимых для исчисления, удержания и перечисления налогов.

(пп. 5 введен Федеральным законом от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

3.1. Налоговые агенты несут также другие обязанности, предусмотренные настоящим Кодексом.

(п. 3.1 введен Федеральным законом от 27.07.2010 N 229-ФЗ)

""4. Налоговые агенты перечисляют удержанные налоги в порядке, предусмотренном настоящим Кодексом для уплаты налога налогоплательщиком.

(п. 4 введен Федеральным законом от 09.07.1999 N 154-ФЗ)

""5. За неисполнение или ненадлежащее исполнение возложенных на него обязанностей налоговый агент несет ответственность в соответствии с "законодательством" Российской Федерации.

(в ред. Федерального закона от 09.07.1999 N 154-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")