Какая часть статьи 159 УК РФ применяется к действиям директора ООО-подрядчика, не выполнившего работы по государственному контракту по ФЗ 44-ФЗ с казенным предприятием, которое является

Решение о возбуждении уголовного дела принимает следователь из полиции или следственного комитета. Он же и определяет статью УК, по которой будет возбуждено уголовное дело. Вы пишите лишь заявление о возбуждении уголовного дела и излагаете известные Вам обстоятельства, не указывая конкретно, по какой статье желали бы привлечь граждан.

П.11. Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 30.11.2017 N 48

"О судебной практике по делам о мошенничестве, присвоении и растрате"

Судам необходимо иметь в виду, что состав мошенничества, предусмотренного частями 5 - 7 статьи 159 УК РФ, имеет место в случае, если:

в действиях лица имеются признаки хищения чужого имущества или приобретения права на чужое имущество путем обмана или злоупотребления доверием;

указанные действия сопряжены с умышленным неисполнением принятых на себя виновным лицом обязательств по договору в сфере предпринимательской деятельности, сторонами которого являются только индивидуальные предприниматели и (или) коммерческие организации;

виновное лицо является индивидуальным предпринимателем или членом органа управления коммерческой организации.

У Вас предпринимательская деятельность, надо квалифицировать по 5,6,7 ст.159 УК РФ.

Ознакомьтесь с п.9 постановления Пленума ВС РФ 48 от 15.11.2016 года

В зависимости от материалов дела станет понятным (5-7 или 4 ст.159)