Идёт ли оплата в повышенном размере за часы, фактически отработанные в выходные, если человек в выходной день работает 3 часа?

Да, если за работу не предоставляется время отдыха. Нет - если время отдыха предоставляется.

Статья 153 ТК РФ.

Оплата труда в выходные и нерабочие праздничные дни

Работа в выходной или нерабочий праздничный день оплачивается не менее чем в двойном размере:

сдельщикам - не менее чем по двойным сдельным расценкам;

работникам, труд которых оплачивается по дневным и часовым тарифным ставкам, - в размере не менее двойной дневной или часовой тарифной ставки;

работникам, получающим оклад (должностной оклад), - в размере не менее одинарной дневной или часовой ставки (части оклада (должностного оклада) за день или час работы) сверх оклада (должностного оклада), если работа в выходной или нерабочий праздничный день производилась в пределах месячной нормы рабочего времени, и в размере не менее двойной дневной или часовой ставки (части оклада (должностного оклада) за день или час работы) сверх оклада (должностного оклада), если работа производилась сверх месячной нормы рабочего времени.

Конкретные размеры оплаты за работу в выходной или нерабочий праздничный день могут устанавливаться коллективным договором, локальным нормативным актом, принимаемым с учетом мнения представительного органа работников, трудовым договором.

Оплата в повышенном размере производится всем работникам за часы, фактически отработанные в выходной или нерабочий праздничный день. Если на выходной или нерабочий праздничный день приходится часть рабочего дня (смены), в повышенном размере оплачиваются часы, фактически отработанные в выходной или нерабочий праздничный день (от 0 часов до 24 часов).

По желанию работника, работавшего в выходной или нерабочий праздничный день, ему может быть предоставлен другой день отдыха. В этом случае работа в выходной или нерабочий праздничный день оплачивается в одинарном размере, а день отдыха оплате не подлежит.