Как правильно указать стоимость неотделимых улучшений в ДКП при продаже квартиры?

Юлия, неотделимые улучшения всегда включаются в стоимость квартиры - их физически невозможно выделить, так как они находятся в самой квартире (и это логично), поэтому налог платить придется.

Поскольку Вы эту сумму оплачиваете риэлтору, то рекомендую заключить между продавцом и покупателем обычный договор беспроцентного займа на эту сумму, тогда с этой суммы налог платить точно не придется.

Ведь ИФНС всегда сможет придраться, если Вы не учтете сумму в 40.000 рублей в стоимости квартиры.

Основание вашего права:

"Гражданский кодекс Российской Федерации (часть вторая)" от 26.01.1996 N 14-ФЗ (ред. от 27.12.2019, с изм. от 28.04.2020)

По договору займа одна сторона (займодавец) передает или обязуется передать в собственность другой стороне (заемщику) деньги, вещи, определенные родовыми признаками, или ценные бумаги, а заемщик обязуется возвратить займодавцу такую же сумму денег (сумму займа) или равное количество полученных им вещей того же рода и качества либо таких же ценных бумаг.

Если покупатель не доверяет вам, вдруг придётся возвращать всё в зад, тогда конечно можно намудрить что-нибудь на 40 тыс. Но проще всего в таком разе покупателю заключить договор с риелтором. И заплатить мимо вас. А если потом что не так, то пусть риелтор это и возвращает.