Оставит ли льготная ипотека квартиру в собственности офицера ВС РФ после окончания контракта?

Дмитрий, здравствуйте.

Да, придется вернуть государству денежные средства. Право на жилье у вас возникнет только после 20 лет службы, соответственно, только после 20 лет службы у вас возникнет право на накопления по НИС.

Обратите внимание на возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника

Федеральный закон от 20.08.2004 N 117-ФЗ (ред. от 27.12.2019) "О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих"

Статья 10. Возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:

1) общая продолжительность военной службы, в том числе в льготном исчислении, двадцать лет и более;

(п. 1 в ред. Федерального закона от 04.12.2007 N 324-ФЗ)

2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:

а) по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;

б) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;

(пп. "б" в ред. Федерального закона от 04.12.2007 N 324-ФЗ)

в) в связи с организационно-штатными мероприятиями;

г) по семейным обстоятельствам, предусмотренным законодательством Российской Федерации о воинской обязанности и военной службе;

3) исключение участника накопительно-ипотечной системы из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;

4) увольнение военнослужащего по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.

(п. 4 введен Федеральным законом от 04.12.2007 N 324-ФЗ)

В таком случае Вам придется вернуть государству денежные средства, перечисленные в рамках НИС, квартиру вправе реализовать только в судебном порядке, если не будете погашать задолженность.