Трудности работы на очистных сооружениях - отсутствие отпуска и давление руководства.

На тех, кто отстаивает свои права всегда оказывалось давление. Я бы советовал обратится в трудовую инспекцию и профсоюз для защиты прав.

Вы же сами подптсали дополнительное соглашение

Поэтому вам решать терпеть и работать или идти в прокуратуру с жалобой и бороться.

Если работники не хотят обращаться с жалобой, значит пусть терпят, а обращаться нужно в прокуратуру, или в суд, всё остальное. Бессмысленно. Статья 10. Рассмотрение и разрешение в органах прокуратуры заявлений, жалоб и иных обращений [Закон "О Прокуратуре РФ"] [Статья 10] 1. В органах прокуратуры в соответствии с их полномочиями разрешаются заявления, жалобы и иные обращения, содержащие сведения о нарушении законов. Решение, принятое прокурором, не препятствует обращению лица за защитой своих прав в суд. Решение по жалобе на приговор, решение, определение и постановление суда может быть обжаловано только вышестоящему прокурору. Порядок оформления письменных обращений регламентирован Федеральным законом «О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации» от 02.05.2006 № 59-ФЗ, Инструкцией о порядке рассмотрения обращений и приема граждан в органах прокуратуры Российской Федерации, введенной в действие приказом Генерального прокурора РФ от 30.01.2013 № 45

Создайте профсоюзную ячейку примите устав, и зарегистрируетесь в региональном профсоюзе. Только собрание по принятию устава проводите закрытое (можно даже не на территории предприятия), что бы не присутствовало руководство компании, т.к. это не нарушает законодательство. Потом руководство будет обязано учитывать ваше мнение, и уволить членов профсоюза не так легко.