Нарушение законодательства в составлении сметной стоимости работ в ООО Водоканал - анализ и правовые основания

Я работаю в адинистрации МО "Бокситогорский район" в комитете ЖКХ. Я была напралена на проверку по составлению сметной стоимости работ по тепловым и водопроводным сетям в ООО "Водоканал", учредителями которого являемся мы и завод. Я обнаружила нарушение в части составления стоимости работ на текущий ремонт, выполняемый хлз. способом, а именно: к новой сметно-нормативной базе 2001 года применены накладные и плановые накопления 18,1% и сметная прибыль 8%, что посчитала неправильным. Кроме того, были применены индексы удорожания на весь комплекс работ СМР, включающим в себя накладные и сметную прибыль. Что привело не только к завышению, но и недостоверной цене работ. Я отметила в акте проверки как нарушение МДС-35.2004 "О порядке определения стоимости строительной продукции на территории РФ". На что ООО"Водоканал" заявил. Что для нас все постановления Госстроя и все имеющиеся методические указания носят рекомендательный характер, и никакого нарушения Закона нет, да и вГ ражданском кодексе ничего не сказано. Как хотим, так и определяем стоимость. Ответьте пожалуйста, присутствует или нет нарушение какого-либо Закона и Граданского кодекса или Законов в строительстве, укажите на правовой акт? Накакой закнодательный акт мне сослаться? Или для ощества с ограниченной ответсвенностью нет законов.