Можно ли получить имущественный вычет по НДФЛ при получении доли квартиры по Соглашению об отступном?

Да, может, если раньше не получал вычет.

Он становится собственником жилья. И не важно как собственник получил долю в квартире.

При этом, считаться будет и сумма займа и процентов по нему.

Интересный вопрос. С моей точки зрения расходы безусловно есть. Но, вопрос какие документы предоставить в подтверждение, что они действительно понесены. НК говорит о квитанциях и т.п., их у вас по отступному нет, да и не должно быть. Получается необходимо показать налоговой реальность предоставления займа (договор займа, расписки, банковские переводы) или что там было. Вот здесь то у наших налоговиков мозги и заклинит.

Кроме того возникает вопрос эквивалентности, могли отдать долю которая стоит больше, а может меньше долга.

А есть и такое мнение суда, правда суд Пермского края:

...сумма в размере... рублей, по сути, является не расходом по приобретению Я.А.В. объектов недвижимости, впоследствии проданных Т., а является возвратом заемных средств по договору займа. В данном случае заем возвращен не денежными средствами, а недвижимым имуществом, что соответствует положениям гражданского законодательства, но не является основанием для предоставления Я.А.В. имущественного налогового вычета в сумме... рублей, поскольку затраты на приобретение недвижимого имущества фактически заявителем понесены не были.