Можно ли составлять несколько протоколов по одной статье КоАП до вынесения решения суда?

Незаконно составили второй протокол, если после первого протокола вы не устранили нарушение.

Нет, нельзя. За одно правонарушение одно наказание. Как и за преступление.

Возможно у ваших действиях усмотрели два разных деяния аналогичному составу.

Нарушение заключалась в том, что контейнер находился в неположенном месте (у забора), и продолжал там находиться после составления первого протокола. В такой ситуации можно говорить о наличии длящегося правонарушения. То есть правонарушение одно, ничего не поменялось. А если оно одно, то и наказание должно быть одно. Согласно ч. 5 ст. 4.1 КоАП РФ никто не может нести административную ответственность дважды за одно и то же административное правонарушение. Часть 4 этой же статьи устанавливает, что назначение административного наказания не освобождает лицо от исполнения обязанности, за неисполнение которой административное наказание было назначено. То есть если по первому протоколу Вас привлекли бы к административной ответственности, а контейнер Вы бы так и не убрали, составление второго протокола было бы обоснованным. Но Вы пишите, что второй протокол составили в то время, пока судь не рассмотрел дело по первому протоколу. И в такой ситуации, привлекая Вам второй раз к административной ответственности, была нарушена ч. 5 ст. 4.1 КОАП РФ. Следовательно, постановление об административном правонарушении, вынесенное второй раз за одно и тоже правонарушение может быть Вами обжаловано в соответствии с положениями КоАП РФ (ст. 30.1-30.3).