Как решить конфликт с заказчиком, не удовлетворенным результатами дополнительного обследования грунтовых вод

Если согласны с требованием, выполнить его. Если не согласны, направьте мотивированный обоснованный ответ.

От заказчика поступила письменная претензия?

Ну пусть подает в суд, там так же будет назначена судебная экспертиза, по её результатам будет принято решение.

Закон РФ от 07.02.1992 N 2300-1 (ред. от 04.08.2023) "О защите прав потребителей"

Статья 29. Права потребителя при обнаружении недостатков выполненной работы (оказанной услуги)

1. Потребитель при обнаружении недостатков выполненной работы (оказанной услуги) вправе по своему выбору потребовать:

безвозмездного устранения недостатков выполненной работы (оказанной услуги);

соответствующего уменьшения цены выполненной работы (оказанной услуги);

безвозмездного изготовления другой вещи из однородного материала такого же качества или повторного выполнения работы. При этом потребитель обязан возвратить ранее переданную ему исполнителем вещь;

возмещения понесенных им расходов по устранению недостатков выполненной работы (оказанной услуги) своими силами или третьими лицами.

Как видите, по общим правилам он не может требовать именно возврата денег.

Потребитель также вправе отказаться от исполнения договора о выполнении работы (оказании услуги), если им обнаружены существенные недостатки выполненной работы (оказанной услуги) или иные существенные отступления от условий договора.

Только если недостаток работы носит существенный характер - тогда он вправе требовать возврата всех денег.

А главное читаем в этой статье дальше:

ч. 4. Исполнитель отвечает за недостатки работы (услуги), на которую не установлен гарантийный срок, если потребитель докажет, что они возникли до ее принятия им или по причинам, возникшим до этого момента.

В отношении работы (услуги), на которую установлен гарантийный срок, исполнитель отвечает за ее недостатки, если не докажет, что они возникли после принятия работы (услуги) потребителем вследствие нарушения им правил использования результата работы (услуги), действий третьих лиц или непреодолимой силы.

Т.е. главное условие для того, что бы требования потребителя были в целом правомерными - это наличие доказательств со стороны потребителя того, что недостатки возникли до принятия работы либо наличия доказательств с вашей стороны того факта, что недостаток возник после принятия работы не по вашей вине.

Вы можете тут манипулировать, как вам удобнее, заявив о гарантийном сроке или наоборот, сообщив, что его нет (если конечно не было ранее это определено).

А что бы доказать момент возникновения недостатков, сначала необходимо такие недостатки в целом выявить...